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Os antibióticos são considerados balas mágicas/drogas mágicas, uma vez que têm como alvo os organismos que produzem a doença. Infelizmente, podem não ser eficazes num futuro próximo devido à resistência aos antibióticos que conduz a infecções potencialmente fatais. Assim, devem ser utilizados judiciosamente quando indicado, como em casos de infeção disseminada e persistente e para profilaxia em condições indicadas pela Associação Americana de Endodontistas. Os antibióticos β-lactâmicos são o fármaco de eleição no tratamento de infecções endodônticas. Os antibióticos devem ser utilizados em doses elevadas durante um período de tempo tão curto quanto a situação clínica o permita, uma vez que uma duração mais curta diminui o risco de desenvolvimento de toxicidade induzida por antibióticos e de resistência aos antibióticos. Para ultrapassar a resistência aos antibióticos, foram desenvolvidos lipossomas que actuam como chamarizes de toxinas. A toxina que entra em contacto com o lipossoma liga-se e torna-se inútil. Se necessário, podem ser utilizados em antibióticos em infecções muito graves e potencialmente fatais para vencer a resistência aos antibióticos.
